学院由分管创新创业工作副校长兼任创新创业学院院长，校团委书记兼任创新创业学院执行院长，招生与就业指导处处长兼任创新创业学院常务副院长、由学生工作部(处)分管日常管理与学生发展工作副部(处) 长、教务处分管教研工作副处长研究生院分管创新创业工作副院长、科技处分管产学研工作副处长、社科处分管科研项目工作副处长、校友会办公室分管校友工作副主任、工程训练中心分管实训教学工作副主任兼任创新创业学院副院长，聘任副院长，统筹管理全校创新创业工作。

学院组织架构如下：

行政办公室：负责学院行政工作，做好学院的日常管理；负责对外联络，统筹校内外资源；负责学院制度的完善、材料整理及各级各类平台申报的组织工作；进行导师库、项目库、人才库的数据收集与更新维护；负责创新创业工作经费、项目经费、建设经费和各项资金管理；做好创新项目研究和成果转化工作，为创新创业项目做好技术保障和知识产权保护等。

教务办公室：积极推进创新创业教育课程体系改革，协助建设创新创业通识教育课程和学院创新创业课程体系，落实学校创新创业教育工作具体安排；组织开展创新创业培训及师资培训；协调各类创新竞赛工作，并做好创新创业教学考核等。

实践办公室：负责管理创新创业孵化基地，做好创新创业团队和项目的孵化和服务工作；组织开展各类创新创业竞赛活动；为学生进行各类科研开发、完成创新创业训练和创业实践提供必要的条件支持。下设云顶集团4118com学生科学技术协会及云顶集团4118com学生创新创业中心两大学生组织，主要负责各类创新创业竞赛活动的具体细节实施。